事业单位全额拨款和差额拨款区别在于财政预算来源不同、稳定性上的阿不同和工作范围上的不同。事业单位按照其收入来源分类，可以分为"全额拨款"、"参公(即参照公务员)"、"财政补贴"、"自收自支"事业单位四类。
1、两者在含义上不同
全额拨款事业单位也称为全供事业单位，也就是全额预算管理的事业单位，是其所需的事业经费全部由国家预算拨款的一种管理形式。
差额拨款事业单位，按差额比例，财政承担部分，由财政列入预算；单位承担部分，由单位在税前列支，如医院等。
2、两者在稳定性上不同
对于全额事业单位而言，是相对稳定，是基于跟着国家进行调控，存在着一定的稳定性；
而差额事业单位存在的变动可能性非常大，存在很大不确定的因素，因此也影响着工作的稳定性。
3、两者包括的范围不同
差额事业单位包括医院等有收入的又承担政府社会职能的单位；自收自支管理的事业单位，主要是一些原来国有企业的行业主管局;
